Leonardo'nun defterleri temel olarak dört farklı konuda yazılmıştır: mimari, mekanik, resim ve insan anatomisi. Bu defterler, farklı boy ve tipte birbirinden bağımsız kağıtlardan oluşmaktadır ve ölümünden sonra dağılmış olmalarına rağmen, günümüzde Louvre, Biblioteca Nacional de España, Milano'daki Biblioteca Ambrosiana ve British Library gibi büyük koleksiyonlarda yeralır. British Library'de bulunan defterlerin bir kısmı internette adresinde incelenebilir. Codex Leicester adı verilen defter, Leonardo'nun özel bir koleksiyonda bulunan tek büyük bilimsel çalışmasıdır ve şu anda Bill Gates'e aittir.

Ocak 2005'te, Floransa'daki Basilica della Santissima Annunziata di Firenze'nin yanında bulunan bir manastırın gizli odalarından birinde, Leonardo'nun uçuş ve diğer bilimsel çalışmalarını yaptığı bir laboratuvar bulunmuştur.